Esta elevación es en sí misma un cofre de sorpresas. Su sitio estratégico la hizo ser, desde la época prehispánica,  una altura donde las tribus indígenas vigilaban e hicieron sorprendentes obras de ingeniería; en la parte superior hay una meseta plana sin duda hecha por ellos aprovechando formaciones naturales con un declive para que el agua de las lluvias corra y se acumule en una represa. Construyeron ahí pequeñas pirámides para ser tumbas que actualmente han sido saqueadas.

Después de la época de la Independencia en 1812 en contingente de las fuerzas insurgentes estableció allí un fuerte, y aún se pueden ver algunos vestigios de su ocupación, lo llamaron La Plaza de Armas, era un lugar muy estratégico pues en sus faldas pasaba entonces el camino real que iba hasta Guatemala.

En el libro “EL Cerro Colorado” el arqueólogo Mauricio Galves Rosales hace un estudio y explicación minuciosa de los hallazgos.
Existen multitud de cuevas pequeñas y medianas alrededor de la meseta, donde se puede comprobar que fueron hogares primitivos de los pobladores del valle, hay señales de humo en los techos, paredes recubiertas de barro, y algunas con divisiones interiores hechas por quienes ahí vivieron y tenían el agua del Río Tehuacán que nace en Santa María del Monte y también pasa en sus faldas.

Según los geólogos, el Cerro Colorado se formó en la era Mesozoica, tal vez en la época Triásica, ya que está formado por conglomerado y areniscas rojas, alternando con pizarras grises o negras que contienen plantas fósiles.
Se habla también de sucesos inexplicables como que en las noches con cielo despejado se ven luces que llegan y salen veloces rumbo al espacio por lo que no es extraño que entre los primitivos habitantes del valle le considerara sagrado.